新たなオープンソースソフトウェア「OpenFold」が開発され、タンパク質の構造予測が可能になりました。
このツールの開発により、神経変性疾患であるパーキンソン病やアルツハイマー病に関連するミスフォールディングしたタンパク質の理解が深まり、新たな治療法の開発に役立つことが期待されています。
研究はハーバード大学医学部のナジム・ブアッタ博士とコロンビア大学のモハメド・アルクライシ博士を中心に進められ、OpenFoldはネイチャー・メソッド誌に発表されました。
AlphaFold2の成功に基づき、これを超える精度と柔軟性を持つツールとして、従来の問題点を補強しています。
AlphaFold2はすでに多くの研究者に利用されているものの、コードやデータのアクセスが制限され、新たなタスクへの適用が難しいという課題があります。
そのため、OpenFoldは無料かつオープンソースで提供され、多様な研究に活用できる環境を提供します。
初期段階ではMeta AI（旧Facebook）がOpenFoldを利用し、600万以上の未分類のタンパク質を特徴付けするアトラスを作成しました。
ブアッタ博士は、「生命体も言語で整理されている」と説明。
DNAの四つの塩基が自然の選んだ言語であり、タンパク質はそれを20種類のアミノ酸で表現していると述べました。
この研究は複数の機関、Flatiron Institute、OpenBioML、Stability AI、テキサス先端コンピューティングセンター（TACC）、およびNVIDIAからの支援で進められ、特にTACCのスーパーコンピュータを利用することで大規模な機械学習とAIの展開が可能となりました。
スーパーコンピュータとAIの融合は、生物学的研究を劇的に変革し、高速度かつ高精度なタンパク質構造の予測を実現します。
ブアッタ博士は、スーパーコンピュータを「現代の生物学と医薬品開発における顕微鏡」と例え、その重要性を強調しています。
えっと、それってどういうこと? 全然わかんないんだけど! OpenFoldってどのようなメリットがあるの?
あと、なぜそれがそんなに重要なの?
OpenFoldはタンパク質構造を予測するオープンソースのツールです。 これにより神経変性疾患の理解や新薬開発が進みます。 オープンなため多くの研究者が利用できる点が重要です。
そうだね、まず簡単に言うとOpenFoldはタンパク質の構造を予測するためのオープンソースのツールなんだ。
タンパク質の構造予測は、新薬の開発やパーキンソン病やアルツハイマー病などの疾患の理解に非常に重要だ。
これが無料で公開され、多くの研究者が利用できることは、研究の進展に大きく貢献する。
AlphaFold2も素晴らしい成果を上げたけど、コードやデータのアクセスに制約があった。
その点、OpenFoldはその課題を解決するために開発され、より多様な研究に適用できる。
Meta AIやNVIDIAなど大手企業のサポートを受けながら、スーパーコンピュータを使っている点も注目だね。
こんな感じで生物学的研究を変えようとしているから、非常に重要な技術だと言えるよ。